Thông Tư 121/2025/TT-BTC Sửa Đổi Các Thông Tư Quy Định Về Thủ Tục Hải Quan, Giám Sát Hải Quan, Thuế Xuất Nhập Khẩu Và Quản Lý Thuế
Thông tư 121/2025/TT-BTC được ban hành để thay thế và cập nhật nhiều quy định quan trọng trong lĩnh vực hải quan, tác động trực tiếp đến quy trình làm việc của mọi doanh nghiệp xuất nhập khẩu. Để giúp cộng đồng doanh nghiệp nắm bắt kịp thời, Xuất Nhập Khẩu Lê Ánh đã tổng hợp và phân tích chi tiết các điểm mới cốt lõi sẽ có hiệu lực từ ngày 01/02/2026.
MỤC LỤC BÀI VIẾT
- 1. Tổng quan Thông tư 121/2025/TT-BTC: Đối tượng, phạm vi và 5 điểm mới cốt lõi
- 2. Phân tích chuyên sâu về Giao dịch điện tử và số hóa hồ sơ hải quan
- 3. Cơ chế tự khai bổ sung “cửa sổ 60 ngày” và quản lý rủi ro tuân thủ
- 4. Tác động của thay đổi về Tỷ giá, Trị giá hải quan đến chi phí doanh nghiệp
- 5. Kiểm tra sau thông quan (KTSTQ) và nghĩa vụ lưu trữ chứng từ theo quy định mới
- 6. Checklist hành động và lộ trình chuẩn bị cho Doanh nghiệp
- 7. Câu hỏi thường gặp (FAQ)
1. Tổng quan Thông tư 121/2025/TT-BTC: Đối tượng, phạm vi và 5 điểm mới cốt lõi
Thông tư 121/2025/TT-BTC, ban hành ngày 18/12/2025 và có hiệu lực từ 01/02/2026, là văn bản pháp quy quan trọng sửa đổi, bổ sung các quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra giám sát, và quản lý thuế xuất nhập khẩu.
- Đối tượng áp dụng của thông tư này rất rộng, bao gồm
+ Tất cả các doanh nghiệp có hoạt động xuất nhập khẩu,
+ Đại lý làm thủ tục hải quan,
+ Doanh nghiệp gia công, sản xuất xuất khẩu (SXXK), doanh nghiệp chế xuất (DNCX),
+ Bất kỳ tổ chức, cá nhân nào có liên quan đến việc xác định trị giá hải quan, miễn/giảm/hoàn thuế và kiểm tra sau thông quan.
→ Mục tiêu chính của thông tư là đồng bộ hóa các quy định với khung pháp lý cấp Luật và Nghị định đã được sửa đổi, đồng thời đẩy mạnh quá trình số hóa, áp dụng quản lý rủi ro và tạo thuận lợi cho thương mại một cách có kiểm soát.
5 điểm mới cốt lõi doanh nghiệp phải nắm vững:
- Số hóa giao dịch: Yêu cầu chặt chẽ hơn về giao dịch điện tử, cho phép sử dụng tài khoản VNeID để đăng ký kết nối với hệ thống hải quan.
- Khai bổ sung 60 ngày: Mở ra một "cửa sổ" 60 ngày sau thông quan để doanh nghiệp tự rà soát và khai bổ sung sai sót, trước thời điểm cơ quan hải quan có quyết định kiểm tra.
- Tỷ giá tính thuế theo tuần: Chuyển từ cơ chế tỷ giá biến động hàng ngày sang công bố và áp dụng theo tuần, giúp doanh nghiệp ổn định kế hoạch chi phí.
- Tham vấn trị giá hải quan: Áp dụng cơ chế "tham vấn một lần, dùng nhiều lần" có hiệu lực 06 tháng, giảm thủ tục cho các lô hàng lặp lại.
- Quy định cho loại hình đặc thù: Cập nhật chi tiết các quy định quản lý nguyên liệu, xử lý phế liệu, tái nhập... đối với nhóm doanh nghiệp gia công, SXXK, DNCX.
2. Phân tích chuyên sâu về Giao dịch điện tử và số hóa hồ sơ hải quan
Một trong những định hướng rõ nét nhất của Thông tư 121 là đẩy mạnh giao dịch điện tử và chuẩn hóa hồ sơ hải quan trên môi trường số. Quy định mới không chỉ là việc nộp hồ sơ online mà còn siết chặt các điều kiện về hạ tầng kỹ thuật và tính pháp lý của dữ liệu điện tử.
2.1. Điều kiện tham gia khai báo điện tử: Chặt chẽ và đồng bộ hơn
Thông tư 121 yêu cầu các tổ chức, cá nhân khi thực hiện khai báo hải quan điện tử phải đáp ứng đầy đủ ba điều kiện cốt lõi.
√ Thứ nhất: phải thực hiện đăng ký tham gia kết nối với hệ thống của cơ quan hải quan để được cấp tài khoản truy cập, một điểm mới đáng chú ý là cho phép sử dụng tài khoản định danh điện tử (VNeID) để thực hiện việc đăng ký này, tạo sự đồng bộ với hệ thống dữ liệu quốc gia.
√ Thứ hai: doanh nghiệp phải đảm bảo hạ tầng công nghệ thông tin đủ mạnh để phục vụ việc khai báo, truyền, nhận, và lưu trữ thông tin một cách ổn định và an toàn.
√ Thứ ba: phần mềm khai báo hải quan mà doanh nghiệp sử dụng phải tương thích với hệ thống xử lý dữ liệu của ngành hải quan và đã được kiểm tra, xác nhận đáp ứng yêu cầu nghiệp vụ.
2.2. Chuẩn hóa bộ hồ sơ: "Ít giấy hơn" nhưng "dữ liệu phải chuẩn hơn"
• Xu hướng "ít giấy tờ hơn" không có nghĩa là quy trình trở nên đơn giản hơn.
• Ngược lại, nó đòi hỏi tính chính xác và nhất quán của dữ liệu điện tử phải ở mức độ cao hơn.
• Bộ hồ sơ hải quan về cơ bản vẫn bao gồm các chứng từ cốt lõi như Hóa đơn thương mại, Phiếu đóng gói, Vận đơn, Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O), Giấy phép...
• Tuy nhiên, cách thức nộp, đính kèm và đối chiếu sẽ được chuẩn hóa một cách khắt khe.
• Doanh nghiệp cần chú ý đến quy cách đặt tên file, định dạng tệp (ví dụ: PDF, XML), việc sử dụng chữ ký số hợp lệ trên từng tài liệu, và đặc biệt là tính nhất quán của dữ liệu giữa các chứng từ khác nhau. Một sai lệch nhỏ về số liệu hay mô tả hàng hóa giữa tờ khai và invoice có thể dẫn đến việc tờ khai bị từ chối hoặc yêu cầu giải trình phức tạp.
3. Cơ chế tự khai bổ sung “cửa sổ 60 ngày” và quản lý rủi ro tuân thủ
- Đây là một trong những điểm mới mang tính đột phá và thực tiễn nhất của Thông tư 121.
- Quy định này cho phép doanh nghiệp có một khoảng thời gian hợp lý để chủ động rà soát và khắc phục các sai sót sau khi hàng đã được thông quan.
- Cụ thể, doanh nghiệp được phép tự phát hiện và thực hiện khai báo bổ sung đối với các sai sót trên tờ khai trong vòng 60 ngày kể từ ngày thông quan.
- Tuy nhiên, quyền lợi này đi kèm với điều kiện chặt chẽ: việc khai bổ sung phải được thực hiện trước khi cơ quan hải quan có thông báo kiểm tra hoặc ra quyết định kiểm tra sau thông quan (KTSTQ) đối với tờ khai đó.
- Quy định này khuyến khích tinh thần tự giác tuân thủ của doanh nghiệp, nhưng cũng đòi hỏi doanh nghiệp phải xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ hiệu quả.
Làm thế nào để tận dụng hiệu quả "cửa sổ 60 ngày"?
- Xây dựng quy trình hậu kiểm nội bộ: Doanh nghiệp cần thiết lập một checklist kiểm tra sau thông quan định kỳ (hàng tuần hoặc 2 tuần/lần) cho các tờ khai đã hoàn tất. Quy trình này nên bao gồm việc đối chiếu chéo các thông tin quan trọng như mã HS, trị giá khai báo, thuế suất áp dụng, tính hợp lệ của C/O, và các điều kiện miễn/giảm/hoàn thuế.
- Hành động nhanh chóng: Nên đặt mục tiêu hoàn thành việc rà soát nội bộ trong vòng 30 ngày đầu tiên. Nếu phát hiện sai sót, cần nhanh chóng chuẩn bị hồ sơ giải trình chi tiết, logic và tiến hành khai bổ sung ngay lập tức. Việc này không chỉ giúp khắc phục sai sót mà còn thể hiện thái độ hợp tác, tuân thủ trước cơ quan hải quan.
- Lưu trữ bằng chứng: Toàn bộ quá trình rà soát và phát hiện sai sót cần được ghi lại bằng biên bản hoặc log file. Ghi rõ ai là người phát hiện, thời điểm phát hiện, nội dung sai sót và căn cứ pháp lý để điều chỉnh. Đây sẽ là bằng chứng quan trọng để chứng minh sự chủ động của doanh nghiệp khi có đợt KTSTQ.
4. Tác động của thay đổi về Tỷ giá, Trị giá hải quan đến chi phí doanh nghiệp
- Thông tư 121/2025/TT-BTC mang đến hai thay đổi lớn liên quan trực tiếp đến việc xác định số thuế phải nộp của doanh nghiệp: cơ chế xác định tỷ giá tính thuế và quy trình tham vấn trị giá hải quan.
- Cả hai điểm mới này đều hướng tới việc tăng tính minh bạch, dễ dự báo và giảm bớt gánh nặng thủ tục hành chính cho cộng đồng doanh nghiệp tuân thủ tốt.
4.1. Tỷ giá tính thuế chuyển sang áp dụng theo tuần
♦ Thay vì sử dụng tỷ giá biến động liên tục hàng ngày, quy định mới chuyển sang cơ chế công bố và áp dụng tỷ giá tính thuế theo chu kỳ hàng tuần.
♦ Theo đó, tỷ giá sẽ được chốt vào cuối ngày thứ Năm của tuần trước, sau đó được Tổng cục Hải quan cập nhật lên hệ thống và áp dụng thống nhất cho tất cả các tờ khai đăng ký trong tuần tiếp theo.
♦ Sự thay đổi này mang lại lợi ích thiết thực, giúp bộ phận kế toán và mua hàng của doanh nghiệp có thể dễ dàng lập dự toán chi phí (landing cost) và số thuế phải nộp cho các lô hàng một cách ổn định hơn.
♦ Nó cũng giúp giảm thiểu các chênh lệch nhỏ phát sinh do biến động tỷ giá trong ngắn hạn, đơn giản hóa công tác đối chiếu và hạch toán.
4.2. Trị giá hải quan: Cơ chế "tham vấn một lần, dùng nhiều lần"
∗ Đây là một bước tiến đáng kể, đặc biệt có lợi cho các doanh nghiệp có dòng hàng nhập khẩu ổn định và lặp lại.
∗ Theo cơ chế mới, sau khi thực hiện tham vấn giá và được cơ quan hải quan chấp nhận một mức giá cho một mặt hàng cụ thể, doanh nghiệp có thể đề nghị được sử dụng kết quả tham vấn đó cho các lần nhập khẩu tiếp theo.
∗ Kết quả này sẽ có hiệu lực trong vòng 06 tháng. Để tận dụng cơ chế này, doanh nghiệp cần chuẩn bị một "bộ hồ sơ trị giá" chuẩn hóa cho từng mặt hàng, bao gồm hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán, tài liệu kỹ thuật, và các bằng chứng giao dịch.
∗ Điều quan trọng là phải duy trì tính đồng nhất về các thông tin như tên hàng, mã HS, xuất xứ, nhà cung cấp, và điều kiện giao hàng để được chấp nhận áp dụng lại kết quả tham vấn.
>> Xem thêm: Khóa học xuất nhập khẩu thực tế
5. Kiểm tra sau thông quan (KTSTQ) và nghĩa vụ lưu trữ chứng từ theo quy định mới
- Thông tư 121/2025/TT-BTC tiếp tục nhấn mạnh tầm quan trọng của công tác kiểm tra sau thông quan và siết chặt các quy định về nghĩa vụ lưu trữ chứng từ của doanh nghiệp.
- Trong bối cảnh số hóa, việc lưu trữ không chỉ đơn thuần là cất giữ chứng từ giấy, mà là quản lý và bảo toàn dữ liệu điện tử một cách khoa học và có hệ thống.
- Doanh nghiệp cần xây dựng một quy trình lưu trữ theo "tư duy kiểm toán", tức là mọi chứng từ, dữ liệu đều phải sẵn sàng để đối chiếu, xác minh và giải trình khi có yêu cầu.
- Một hệ thống lưu trữ hiệu quả cần được tổ chức theo từng lô hàng hoặc tờ khai, bao gồm toàn bộ chứng từ liên quan (hồ sơ hải quan, chứng từ thương mại, chứng từ thanh toán, tài liệu kỹ thuật...), và quan trọng là phải có nhật ký (log) ghi lại các lần chỉnh sửa hoặc khai báo bổ sung.
→ Kinh nghiệm thực tế cho thấy, doanh nghiệp có khả năng xuất trình hồ sơ đầy đủ, nhanh chóng và nhất quán thường chiếm ưu thế lớn khi làm việc với đoàn KTSTQ.
6. Checklist hành động và lộ trình chuẩn bị cho Doanh nghiệp
Để đảm bảo quá trình chuyển đổi sang quy định mới diễn ra suôn sẻ và tuân thủ đầy đủ, các doanh nghiệp cần có một kế hoạch hành động rõ ràng từ bây giờ cho đến trước ngày 01/02/2026. Dưới đây là checklist các công việc ưu tiên mà đội ngũ chuyên gia của Xuất nhập khẩu Lê Ánh khuyến nghị.
| Hạng mục | Nội dung công việc chi tiết | Phòng ban phụ trách |
| Hệ thống & Tài khoản | Rà soát hiệu lực của chữ ký số, tài khoản khai báo. Phân quyền lại cho nhân sự phù hợp. Nghiên cứu và chuẩn bị quy trình đăng ký/kết nối bằng VNeID khi có hướng dẫn chi tiết. Kiểm tra lại tính tương thích của phần mềm khai báo. | Phòng XNK, IT |
| Quy trình "60 ngày" | Xây dựng và ban hành quy trình hậu kiểm nội bộ sau thông quan. Thiết lập hệ thống cảnh báo các mốc thời gian 15, 30, 60 ngày. Xây dựng mẫu biên bản rà soát nội bộ để làm bằng chứng cho việc khai bổ sung. | Phòng XNK, Pháp chế |
| Tài chính & Chi phí | Cập nhật lại mô hình tính giá vốn hàng nhập (landing cost) để phản ánh cơ chế tỷ giá theo tuần. Xây dựng các bộ hồ sơ trị giá chuẩn cho các mặt hàng nhập khẩu thường xuyên để sẵn sàng xin áp dụng cơ chế "tham vấn 1 lần". | Phòng Kế toán, Mua hàng |
| Loại hình đặc thù (GC, SXXK, DNCX) | Tổ chức rà soát lại toàn bộ quy trình quản lý nguyên vật liệu, xử lý phế liệu/phế phẩm, thủ tục tái nhập, XNK tại chỗ để đối chiếu với các điểm mới của thông tư và điều chỉnh nếu cần. | Phòng XNK, Quản lý kho |
| Đào tạo nội bộ | Tổ chức các buổi đào tạo, phổ biến nội dung của Thông tư 121 cho toàn bộ nhân sự liên quan. Cân nhắc cử nhân sự chủ chốt tham gia các khóa học chuyên sâu để cập nhật kiến thức. | Phòng Nhân sự, XNK |
7. Câu hỏi thường gặp (FAQ)
1. Thông tư 121/2025/TT-BTC có thay thế hoàn toàn Thông tư 38/2015/TT-BTC và Thông tư 39/2018/TT-BTC không?
Thông tư 121/2025/TT-BTC được ban hành để sửa đổi, bổ sung một số điều của các thông tư cũ như Thông tư 38 và 39 để phù hợp với các luật và nghị định mới. Doanh nghiệp cần đọc kỹ phạm vi sửa đổi, các điều khoản nào được giữ nguyên, điều khoản nào được thay thế hoặc bãi bỏ để áp dụng chính xác.
2. Nếu khai bổ sung trong "cửa sổ 60 ngày" thì doanh nghiệp có bị xử phạt không?
Việc tự giác khai bổ sung trong thời hạn và trước khi cơ quan hải quan kiểm tra thường được xem là tình tiết giảm nhẹ. Tùy thuộc vào nội dung sai sót (ví dụ: có dẫn đến thiếu thuế hay không), doanh nghiệp có thể chỉ cần nộp bổ sung số thuế thiếu và tiền chậm nộp mà không bị áp dụng các hình thức phạt vi phạm hành chính. Tuy nhiên, quyết định cuối cùng thuộc về cơ quan hải quan.
3. Cơ chế "tham vấn một lần, dùng nhiều lần" có áp dụng cho tất cả các mặt hàng không?
Cơ chế này thường được ưu tiên áp dụng cho các doanh nghiệp có lịch sử tuân thủ pháp luật tốt và đối với các mặt hàng có tính chất, giá cả ổn định, không thuộc danh mục hàng hóa rủi ro về trị giá theo quản lý của ngành hải quan. Doanh nghiệp cần chủ động làm việc với chi cục hải quan nơi mở tờ khai để được hướng dẫn chi tiết.
4. Xuất Nhập Khẩu Lê Ánh có tổ chức các khóa học cập nhật nội dung Thông tư 121 không?
Có. Toàn bộ chương trình đào tạo tại Lê Ánh, đặc biệt là các khóa học chuyên sâu như Khóa học Khai báo Hải quan và Khóa học Báo cáo quyết toán, đều được cập nhật liên tục để phản ánh những thay đổi mới nhất của pháp luật. Chúng tôi cam kết mang đến cho học viên những kiến thức thực tế và hợp thời nhất.
CHỦ ĐỘNG NẮM BẮT THAY ĐỔI CÙNG XUẤT NHẬP KHẨU LÊ ÁNH
Đừng để những thay đổi trong chính sách cản trở hoạt động kinh doanh của bạn. Hãy trang bị kiến thức chuyên sâu và kỹ năng thực chiến cùng các chuyên gia hàng đầu.
Liên hệ tư vấn khóa học phù hợp: 0904.84.8855
